El mismo comenzó con una recha negativa que, en primera instancia, alejó a Independiente del ascenso, desencadenando un nuevo clima de crisis, manifestaciones de hinchas contra los dirigentes, y la renuncia del presidente Cantero, quedando su cargo en manos de un interinato. El propio Milito se hizo cargo de la dirección técnica del club en 2016, camisetas futbol baratas permaneciendo en el cargo sólo seis meses pero sentando las bases de un equipo en formación.